После битвы за Нью-Йорк альтернативная версия скандинавского бога обмана похищает Тессеракт и сбегает, порождая новую временную ветвь. Почти сразу его задерживают агенты тайной бюрократической структуры, которая следит за целостностью единой хронологии и безжалостно стирает любые отклонения. На допросе выясняется, что побег был не предусмотрен «священным» ходом событий, и трикстеру грозит уничтожение. Однако один из ведущих сотрудников организации, агент Мёбиус, вытаскивает пленника из-под суда и предлагает сделку: помочь выследить опасного беглеца, который методично уничтожает патрули времени. В обмен на содействие богу обмана обещают сохранить жизнь — точнее, отсрочить неизбежное удаление из реальности.
В процессе охоты трикстер изучает архивы и понимает, что скрываться беглец предпочитает в точках неизбежных катастроф — там, где любые изменения всё равно не способны повлиять на ход истории. Проверив догадку в нескольких эпохах, он вычисляет убежище преследуемого. Им оказывается женская версия самого героя — Сильвия. Между ними завязывается схватка, но вскоре оба оказываются заброшены на гибнущую луну, где вынуждены действовать сообща, чтобы выжить. Сильвия раскрывает ключевую тайну: все сотрудники организации, включая охотников и самого Мёбиуса, — не уроженцы этого места, а похищенные варианты людей, чью память стёрли и подчинили чужой воле.
Вернувшись в штаб-квартиру, трикстер пытается передать эту правду Мёбиусу, но их обоих объявляют нарушителями. Героя отправляют в Пустоту — измерение на краю времён, куда сбрасывают всё неугодное. Там он встречает множество собственных альтернативных версий, включая юного, старого и даже крокодила. Объединившись с ними, он прорывается через чудовищного стража Пустоты и вместе с Сильвией добирается до Цитадели в конце времён. Там их ждёт «Тот, Кто Остаётся» — загадочный создатель организации, утверждающий, что лишь его жёсткий контроль над единственной временной линией сдерживает бесконечную войну между его же злобными альтернативами. Он предлагает пленникам выбор: занять его место и продолжить управлять хронологией или убить его и выпустить Мультивселенную на свободу. Сильвия выбирает второе. Она отправляет трикстера обратно в штаб-квартиру, а сама наносит удар, после чего временная линия раскалывается на бесчисленные ветви. Герой возвращается к Мёбиусу, но тот не узнаёт его — реальность вокруг изменилась до неузнаваемости.
Во втором сезоне последствия этого решения становятся катастрофическими. Устройство, сдерживавшее временные потоки, перегружается растущими ветвями и вот-вот взорвётся, что уничтожит всю организацию и бесчисленные реальности. Самого трикстера начинает неконтролируемо швырять между прошлым, настоящим и будущим. Вместе с Мёбиусом, Сильвией и новыми союзниками — гениальным техником Уроборосом и застенчивым изобретателем Виктором Таймли, альтернативной версией создателя организации, — он пытается починить устройство. Но каждый раз, когда поток ветвей удаётся стабилизировать, система вновь выходит из строя, и герой обнаруживает, что попытки исправить ситуацию лишь приближают неизбежную катастрофу. В финале, перебрав бесчисленные варианты развития событий, он понимает: единственный способ сохранить жизни друзей и существование всех временных линий — занять место «Того, Кто Остаётся». Герой добровольно разрушает устройство, жертвует собой и остаётся в Цитадели в конце времён, удерживая бесконечные ветви реальности в виде исполинского древа, где каждая ветвь — отдельный мир.
